V akváriu dochází k stálému znečišťování např. výkaly, potravou, odumřelými rostlinami a apod. Tyto látky se mohou v průběhu doby nebezpečně nahromadit, když je filtrace nebo výměna vody nedostačující. V akvaristice se používá mechanické a biologické filtrace. Při biologické filtraci se využívá pomalute koucích nebo rychle tekoucích filtrů.
Ne každé akvárium potřebuje filtrovat. V případě, kdy hustota rybí osádky není moc velká, ale počet ryb odpovídá zhruba přirozeným poměrům, je produkce odpadních látek taková, že jejich likvidaci zvládne samofiltrační schopnost akvária.
Mnoho lidí kteří vidí poprvé biofiltr umístněný pod akváriem se ptají, jak je možné, že biofiltr při výpadku proudu, kdy čerpadlo nepracuje, nepřeteče. Bezpečný provoz biofiltru zajišťují přepady. Přepady fungují na principu stavidla. Akvárium se naplní až k okraji přepadu. Biofiltr se naplní vodou na maximum.Poté se zapne čerpadlo v biofiltru. Hladina v akváriu začne stoupat a začne přetékat přepadem zpátky do biofiltru.
